Kalocsa életében nagy törést jelentett a török megszállás….
Kalocsa életében nagy törést jelentett a török megszállás. Először 1529-ben foglalták el a várost, de akkor még távoztak. Utána többször cserélt gazdát Kalocsa. Hol a Habsburg-párti csapatok, hol a János király oldalán harcolók tartották megszállva, ami jelentős pusztításokkal is járt. A törökök 1543-ban foglalták el végleg. A török megszállás elől az egyházi intézményekkel együtt a lakosság egy része a Felvidékre, másik része a környező mocsarakba menekült, de maradtak a városban is. A művelődés és írásbeliség egyházi intézményeinek távozása után Kalocsa faluként folytatta eseménytelen életét, annak ellenére, hogy a török adóösszeírások városként tartották nyilván. A közeli Fajsz és Foktő lakossága a hódoltság alatt kétszer-háromszor nagyobb volt Kalocsáénál. A megfogyatkozott lakosság mellé a törökökkel jött délszlávok települtek Kalocsára. A későbbi kalocsai szállások és Kalocsa középkori lakossága, amely nem akart elvándorolni, elsősorban ebe a két, mocsarakkal védett faluban telepedett le. A korabeli török adóösszeírások szerint a város lakossága 500-600 fő körül mozgott, de csökkenő tendenciával. Míg 1548-ban 715 fő lakott Kalocsán, az 1570-es, 1580-as években már csak 350 körül volt a lakosok száma, majd ismét emelkedni kezdett.
A 16. század végén kitört „hosszú háború” végzetes csapást mért Kalocsára. Portyázó hajdú csapatok 1602-ben felégették a várost, a török megszállás alatt lassan pusztuló épületek romlása véglegessé vált. Evlia Cselebi, neves török utazó második magyarországi körútján, 1665-ben járt Kalocsán és a következőket írta a városról: „Kalocsa palánka. Lajos király építkezése a vár, a melyet Szulejmán hódított meg. Vára a Duna folyótól egy órányira van. Ha a Duna kiárad, olyankor a vár sziget gyanánt középen marad. Környéke mocsaras hely. Kikötőjével szemközt, a Duna folyó túlsó partján, a budai úton Paks vára van. Vára tulajdonképp a szegedi szandzsák területén van és az egri várkatonaság jövedelme az adója; hét jük akcse jövedelmű eminség. Kétszeres tömésfalakkal körülvett palánka. Belül új, erős építésű, négyszögű csinos vára van, mely igazán erős. Délkeletre néző egyetlen kapuja van, mely előtt a fahíd csigákkal felhúzható. Az őrök minden éjjel fel is vonják e hidat. E híd alatt mély víz van. A kapu híja előtt egy dsámi, három bolt s egy kis fogadó van. A városban egy elpusztult templom van, a melyben gyönyörű színes festmények vannak. Mivel e város lakói szegények, azért a hatvan katonától nem is fogadtunk el semmit. Húsz katonát társul vevén, délkeleti irányban 1 óráig mentünk s virágzó magyar falukon áthaladva Baja várához érkeztünk.”
A török hódoltság nyomán megszűnt katolikus hitéletet az 1630-as években horvátországi ferencesek kezdték újjászervezni. Monostoruk a mai Szent István Ház (Szent István király út 6.) helyén állt. A török hódoltság utolsó harmadában, kihasználva a török gyengülő erejét, Kalocsára és környékére a nemesi vármegye és az érseki földesúri hatalom egyre jobban beszivárgott, elsősorban adószedési okokból. Az 1569-es pozsonyi országgyűlés, az addig Fejér megyéhez tartozó Solti széket Pest megyéhez csatolta, ami megkönnyítette a vármegye térnyerését. Az 1602-es hajdútámadás után megmaradt, kijavított épületeket és a várat az 1686. október 13-án kivonuló törökök pusztították el.
A török alól felszabadult Kalocsára lassan tért vissza az élet. A város lakói a török elől menekült, vagy a törökökkel együtt Kalocsára jött bunyevác telepesek, a környező falvakból betelepült magyarok, az Észak-Magyarországra menekült kalocsaiak visszatért leszármazottai és a török megszállás alatt Kalocsán maradottak leszármazottai voltak. Később Baranyából és Somogyból is települtek magyarok Kalocsára. Először a török elől elmenekültek leszármazottai tértek vissza Kalocsára, majd Dunántúlról, főként Somogyból betelepült magyarok növelték a város lakosságát. A törökkel jött délszlávok leszármazottainak egy része Kalocsán maradt. A 17. század végén Kalocsa a török ellen vonuló császári csapatok felvonulási területe volt. A városra és környékére rendszeresen hadiadót vetettek ki, melyet pénzben és természetben (beszállásolás, előfogatok, élelem és takarmány biztosítása, stb.) kellett fizetni. Széchényi Pál érsek több ízben kezdeményezte a kirótt hadiadó mérséklését. A század végén megalakult a városi önkormányzat is. 1700 körül a város lakossága 5-600 fő között mozgott. 1701-ben megkezdte működését a városi plébánia és a plébániai iskola. Kalocsán és több környékbeli községben paprikatermesztéssel kezdtek foglalkozni, elsősorban az Ormánságból betelepültek. 1729-ben a mai Érsekcsanádon feltűnt a Paprika családnév.
A Rákóczi-szabadságharc idején jobbára nyugalom volt a városban és a környékén, ahol 1704 és 1707 között Károlyi Sándor kuruc generális parancsnoksága alá tartozó hajdú csapatok táboroztak. A hajdú csapatok parancsnoka először Hellepront János ezredes, majd Cseplész János kapitány volt. 1704 elején I. Lipót király megbízta Széchényi Pál kalocsai érseket, hogy kezdjen tárgyalásokat Rákóczi Ferenccel a békekötésről. Széchényi Pál több alkalommal tárgyalt Rákóczi megbízottaival, majd május folyamán Solton Rákóczival több eredménytelen tárgyalást folytatott. 1704 március elején a Dráva-Száva közéből az Alföldön portyázó rác csapatok felégették Kalocsát. A tűzvészben elpusztult a török időket túlélő városi plébániatemplom is. Kisebb harci cselekmények voltak még a közeli Ordasnál, illetve Imsósnál 1705 tavaszán-kora nyarán. Május folyamán Dunakömlőd és Imsós között (Imsós akkor még a Duna bal partján feküdt) Bottyán János csapatai hajóhidat építettek a Dunán. Az építési munkákat La Maire és Saint-Just francia hadmérnökök vezették. A kömlődi magaslaton palánkvárat (Bottyán vár), az imsósi oldalon sáncot építettek a hídfők védelmére. A császári csapatok megtámadták a kömlődi hídfőt, majd június 23-án a császári túlerő miatt a kuruc csapatok visszavonultak a Duna bal partjára, az imsósi sáncba, a kömlődi palánkvárat és a hajóhidat felégették. 1707. március végén – április elején a Duna-Tisza közét császári szolgálatban dúló szerb határőr-csapatok Kalocsa környékén is garázdálkodtak. A Kalocsán táborozó hajdú csapatok Cseplész János vezetésével Kalocsa és Dunapataj környékén megütköztek a szerb martalócokkal. Berthóty István kuruc dandárnok Kecskemétről egy kb. 100 fős csapatot küldött Nagy Péter vezetésével a kalocsai hajdúk megsegítésére.
Az érsekség csak az 1710-es évek elején települt vissza Kalocsára, de a helyi egyházi intézményeket (plébánia, iskola) már néhány évvel korábban megszervezték. Csáky Imre érsek (1710-1732) a város földesura jogán egyezséget kötött a várossal a Kalocsa környéki elnéptelenedett puszták bérbeadásáról és az úrbéri szolgáltatásokról. A város bérbe vette az érsekség tulajdonában lévő, a török időkben elnéptelenedett falvak határát és más határrészeket, amik túlnyomóan Kalocsától keletre feküdtek: Csertő (Öregcsertő, Kiscsertő), Mégy (Alsómégy, Homokmégy), Drágszél, Hillye, Negyven, Kistelek, Kisülés és Halom. Későbbi bérletek: Csorna, Erek (Alsóerek, Felsőerek), Tény (Kistény, Öregtény), Résztelek, Keserűtelek, Szarvas, Banyasziget, Győrtelek, Kőégető és Bóvár. Ezeken a határrészeken és pusztákon alakultak ki később a kalocsai szállások. Az 1713-ban kötött kontraktus gyakorlatilag visszaállította Kalocsa középkori mezővárosi kiváltságait. A vásártartási jogot csak később, 1720. március 17-én évente három napot (Mátyás nap: február 24., Nagyboldogasszony napja: augusztus 15. és András nap: november 30.) kapta vissza III. Károly királytól, később, 1731. március 27-én még egy további vásári napot (Úrnapja: május 21.) kapott. Az úrbéri viszonyok rendezése nyomán kialakult a 18. századi Kalocsa legjelentősebb társadalmi rétege, a birtokos jobbágyparasztság. A mezőgazdasági termelés megszokott terményei mellett új termelési ágak jelentek meg. 1740-es évek végéről származnak a fűszerpaprika-termelés első írásos nyomai. 1747-ben a Bátyán paprikával fizették az érseknek az egyházi tizedet. Az 1748-as bátyai egyházlátogatási jegyzőkönyvben szerepelt, hogy Molnár János jegyző és kántortanító természetbeni járandósága fejében paprikaföldet kapott. A kalocsai papnevelde 1748/49-es számadáskönyve paprikavásárlásról tudósít. Az 1760 körüli években Öreghegyen (ma Szőlőhegy), Homokgyőrben és Halomban megkezdődött a szőlőtermesztés is.
/Az összefoglaló Asbóth Miklós helytörténész munkája./